Eesti põllu- ja maamajanduse nõuandeteenistus on läbi aegade teinud koostööd erinevate valdkonna organisatsioonide ja huvigruppidega. Koostöö eesmärgiks on parendada põllu- ja maamajandust käsitleva nõuande kvaliteeti ja teabe levikut ning töötada välja uusi ja täiendada olemasolevaid nõuandetooteid.
MESi nõuandeteenistuse koostööpartnerid 2016. aasta seisuga:
Haridus-, teadus- ja arendusasutused
Tallinna Tehnikaülikool
Eesti Maaülikool
Põllumajandusuuringute Keskus
Põllumajandusamet
Eesti Taimekasvatuse Instituut
Olustvere Teenindus- ja Maamajanduskool
Järvamaa Kutsehariduskeskus
Sihtasutus Viljandimaa Arenduskeskus
Valdkonna esindusorganisatsioonid
Eesti Aiandusliit
Eesti Mesinike Liit
Eesti Lihaveisekasvatajate Selts
Eesti Lambaka- ja Kitsekasvatajate Liit
Eesti Tõusigade Aretusühistu
Mittetulundusühing Eesti Seemneliit
Eesti Erametsaliit
MTÜ Eesti Kartul
Eesti Põllumajandus-Kaubanduskoda
Nõuandeteenistuse jätkusuutlikuks arenguks on oluline olla kursis teiste riikide kogemuste ja heade praktikatega põllumajandusliku nõuande andmise ja arendamise alal. Selleks tuleb varasemast jõulisemalt edasi arendada koostööd teiste riikide nõuandeorganisatsioonidega. 2016. aasta seisuga on sõlmitud koostöölepingud naaberriikide nõuandeorganisatsioonidega:
ProAgria Maamajanduslike Nõuandekeskuste Liit
Läti Maamajanduse Nõuande- ja Koolituskeskus (LRATC)
Leedu Põllumajanduse Nõuandeteenistus (LAAS)
Eesti põllu- ja maamajanduse nõuandeteenistus on alates 3.september 2015. a Euroopa Põllu- ja Maamajanduslike Nõustamisteenistuste Foorumi EUFRAS (European Forum of Agricultural and Rural Advisory Services) liige.