Eestis on ohustatud tõugu loomade loetellu on kantud eesti hobune, tori hobusetõu universaalsuuna ja vana-tori suuna alampopulatsioon, eesti raskeveohobune, eesti maatõugu veis ja eesti vutt. Nende tõugude puhul on aretusvalikutel suur tähtsus tõu säilimisele.
- Tõug või eristatud osa ühte tõugu kuuluvate loomadest loetakse ohustatuks, kui aretuses kasutatavate emasloomade arv on alla tuhande või isasloomade arv alla kahekümne ja emaslindude arv alla kümne tuhande või isaslindude arv alla tuhande.
- Ohustatuks loetakse kohalikku päritolu põllumajanduslooma tõug, mille päritolu ja populatsiooni olemasolu on teaduslikult tõestatud ning mille aretus on Eestis kestnud hobuste puhul vähemalt 50 aastat.
- Ohustatud tõugude puhul on lubatud ainult puhasaretus, sugulastõuge võib kasutada ainult piiratud aja jooksul ühekordsel ristamisel teaduslikult tõendatud sugulusaretuse vältimiseks.
Eesti hobune on madalajalgne ning kuiva ja tugeva kehaehitusega kerge põllumajandushobune, keda saab edukalt kasutada laste ratsahobusena ja pere- ning turismihobusena. Loe lähemalt Põllumajandus- ja toiduameti kodulehelt.
Tori hobune on elava temperamendiga, healoomuline ja suure veotahtega. Tori hobuse aretamine on tihedalt seotud Tori Hobusekasvandusega, mis asutati 1856. aastal. Tänapäeval on tõusiseselt eristatud kolm erineva aretuseesmärgiga aretussuunda ja moodustunud on kolm alampopulatsiooni: aretussuuna hobuste alampopulatsioon, universaalsuuna hobuste alampopulatsioon ja vana-tori suuna hobuste alampopulatsioon. Loe lähemalt Põllumajandus- ja toiduameti kodulehelt.
Eesti raskeveohobune on tugeva konstitutsiooniga hobune, kes on aretatud peamiselt Rootsist ja Belgiast sissetoodud ardennide ning kohalike hobuste ristamise teel. Hobused on rahuliku temperamendiga, energilised ja healoomulised. Loe lähemalt Põllumajandus- ja toiduameti kodulehelt.
Eesti sporthobuse aretuse eesmärgiks on võimalikult kõrge saavutusvõimega sporthobune (või ratsaponi), kelle tüüp, kehaehitus, liikumine, iseloom, kehaline ja psüühiline vastupidavus, intelligents, temperament ja tervis on sellised, nagu vajatakse klassikalise ratsaspordi aladel. Eesti sporthobune (ESH) on üks Euroopa soojaverelistest ehk poolverelistest hobusetõugudest mitmekümne sarnase hulgas. Eesti sporthobuse ajalugu algab 2000. aastast. Aretuslikult on ESH arenenud esialgse suures osas tori ja trakeeni tõust pärit aretusmaterjali kasutamisest 20 aasta jooksul maailma parimate tõuraamatutega paljuski ühise genofondiga tõuks. Loe lähemalt Eesti Sporthobuste Kasvatajate veebilehelt.
Trakeeni hobune aretati 19. sajandil Saksamaal Ida-Preisi provintsis tarpanist põlvneva kohaliku hobuse baasil. Hobuse pea on kuiv, sirge profiiliga, selg sirge, liigesed ja kõõlused reljeefsed, värvustest on sagedasemad kõrb, mustjaskõrb ja must. Eestisse on trakeeni hobuseid toodud 20. sajandi algul ja hiljem alates 1969. aastast. Eesti trakeenikasvatajad tulid Heimtali Hobusekasvanduse kutsel trakeeni haruseltsi moodustamiseks esmakordselt kokku 05.08.1999. 2004. aastal anti Eesti Hobusekasvatajate Seltsile (EHS) trakeeni tõugu hobuste aretusregistri pidamise ja tõudokumentide väljastamise õigus. Vaata Eesti Hobusekasvatajate Seltsi veebilehelt.