Kõikide eriti ohtlike loomataudide ennetamise- ning tõrjemeetmed on reguleeritud ühtsetel alustel kogu Euroopa Liidus. Enamasti rakendatakse Euroopa Liidus eriti ohtlike loomataudide ennetamise osas mittevaktsineerimise poliitikat. Loomataudi puhkemisel likvideeritakse taudikolle sealolevate loomade ning nendega kokkupuutunud loomade hukkamise ning loomade ja loomsete saaduste liikumisele rangete piirangute panemise abil. Mittevaktsineerimise poliitika võimaldab kõige kindlamini hoida riik taudivaba ning kõiki taudipuhanguid ning loomataudiga kokkupuutunud loomi on sel juhul kerge seire korras avastada. Välistatud on viiruse varjatud ringlemine loomapopulatsioonis. Tulenevalt loomade hukkamisega seotud majanduslikest kahjudest ning avalikkuse hukkamõistust loomade massilisele hukkamisele loomataudide tõrjel on järjest enam otsitud võimalusi senise poliitika ümbervaatamiseks. Üks võimalus on selleks loodud tänu vaktsiinitootmise arengule, mis võimaldab kasutada markervaktsiine. Markervaktsiinide kasutamise järgselt on võimalik vahet teha vaktsineeritud ja loomataudiga kokkupuutunud ehk nakatunud loomade vahel. Markervaktsiini kasutatakse hetkel näiteks Rumeenias ja Bulgaarias sigade klassikalise katku tõrjumiseks, et haiguse kontrolli alla saamisel ka nende riikide seakasvatajatel oleks võimalik EL ühisturule pääseda.
Eesti on rakendanud pikalt kõigi eriti ohtlike loomataudide suhtes mittevaktsineerimise poliitikat. Meil ei olnud väga pikka aega esinenud ühtegi eriti ohtlikku loomataudi. Enne 2007 aasta Newcastle’i haiguse (ND) juhtumeid Abja Muna OÜ-s, Viljandimaal ja AS-s Tallegg oli viimane ND juhtum Eestis 1962 aastal. ND alane olukord Eestis on muutunud just tänu ND viiruse levikule tuvide seas. ND viirust on leitud tuvidel alates 15.10.2006 nii Harjumaal, Põlvamaal, Järvamaal kui Pärnumaal. Leviv ND viirus ei kutsu linnukarjas esile klassikalisi haigusnähte ning suurt surevust, kuid on piisavalt patogeenne, et põhjustada munatoodangu langust ning õigustada vajalikke tauditõrjemeetmeid, sealhulgas nakatunud karja hukkamist. Sellise varjatud viiruse leviku jälgimine ja vajalike tõrjemeetmete rakendamine on probleemne. Kuna viiruse jätkuv levik mets- ja põllumajanduslindude vahel tuleb lõpetada, otsustati Eestis alates 2008. aastast alustada põllumajanduslindude ennetavat vaktsineerimist ND vastu. Ka teistes liikmesriikides, peale Soome ja Rootsi on üle mindud ND osas ennetava vaktsineerimise rakendamisele tulenevalt selle laialdasest levimusest keskkonnas. Viimati tegi seda Taani 2005 aastal.
Ohtlikest loomataudidest vaba staatuse saamiseks rakendatakse tauditõrje programme. Tauditõrjeprogrammid võivad olla riiklikud või ettevõtja poolt vabatahtlikuna läbiviidavad. Tänu riiklikult korraldatud tauditõrjeprogrammide raames tehtud efektiivsele tõrjetööle varasematel aastatel on Eesti vaba nii veiste brutselloosist, veiste tuberkuloosist kui veiste enzootilisest leukoosist. Viimast esineb küll veel üksikjuhtudena, kuid riigi üldist haigusevaba staatust see ei ohusta. Ametlikult vaba staatuse saamiseks nende taudide osas esitab Veterinaar- ja Toiduamet (VTA) taotluse Euroopa Komisjonile koheselt, kui on täidetud vaba staatuse saamiseks vajalike uurimiste maht. Vabatahtlike tõrjeprogrammidena on alustatud Maedi-Visna haiguse väljatõrjumist meie lambakarjadest. Põllumajandusministeeriumi poolt finantseeritava rakendusuuringu käigus on Eesti Maaülikooli Veterinaarmeditsiini ja loomakasvatuse instituut töötanud välja veiste infektsioosse rinotrahheiidi ja veiste viirusdiarröa tõrjeprogrammi.
Põllumajandusministeerium koostöös VTA-ga on käivitanud programmi marutaudi Eestist välja tõrjumiseks, alustades 2005 aasta sügisel metsloomade suukaudset vaktsineerimist. Tänu programmile on marutaudi esinemine metsloomade seas langenud trastiliselt. Läbi aastate on diagnoositud marutaudi keskmiselt aastas 300 ringi. Kõigi aegade kõrgpunkt saabus 2003. aastal, mil diagnoositi 813 marutaudi juhtu, neist 697 metsloomadel ja 116 koduloomadel. Peale 2,5 aastast vaktsineerimisprogrammi rakendamise alustamist diagnoositi 2007 aastal marutaudi vaid 4 loomal, neist 2 põllumajandus- ja 2 metsloomal.
Üldised abinõud, mida iga loomapidaja ise saab ära teha, vähendamaks riski tuua mõni paha taud oma farmi:
- hoidke ise ja nõudke teistelt oma farmi territooriumil puhtust ja korda;
- farmi territooriumile olgu ainult üks sissepääs, mida hoidke lukus;
- lubage farmi territooriumile nii vähe inimesi ja veovahendeid, kui vähegi võimalik;
- ärge luba oma farmi inimesi, kes naasid välismaalt vähem kui 48 tundi tagasi;
- pidage ranget arvestust kõikide oma loomade ja nende liikumiste üle ühest karjast teise või tapamajja;
- kui Teil on mitu farmi, siis käsitlege neid kui täiesti eraldi olevaid karju ja vältige otsekontakte nende vahel;
- hoidke koerte, kasside ja lindude pääs farmi kontrolli all;
- ärge laske farmis närilistel peremehetseda.
Lisaks nendele üldistele põhimõtetele võiks desinfitseerida farmi territooriumile sõitvate ja sealt lahkuvate veovahendite rattad ning inimeste jalanõud. Desinfitseeriv aine tuleks hoida puhtana ja uuendada seda iga päev. Kuna mustus võib desinfektsiooni kasutuks muuta, siis on otstarbekas kõik desinfitseeritavad materjalid enne puhastada ja pesta. Ka tuleks loomaomanikul jälgida, et ei tema ise ega tema töötajad ei puutuks kokku teistesse karjadesse kuuluvate loomadega.
Eriti ohtliku loomataudi kahtluse korral tuleb haiguse kliiniliseks diagnoosimiseks, vajalike proovide võtmiseks, epidemioloogilise uurimise läbiviimiseks ja loomataudi leviku tõkestamiseks viivitamatult kohale kutsuda kohalik volitatud veterinaararst või veterinaarjärelevalve ametnik. Veterinaararst informeerib loomapidajat taudiga kaasnevatest ohtudest ning annab täpsemad juhised, kuidas oletatava tõve levikut tõkestada. Kui vaja, kehtestab VTA kohaliku asutuse juht diagnoosi täpsustamiseni karjale või piirkonnale kitsendused. Viimastest teatatakse loomapidajale kirjalikult. Kui läbiviidud uuringute tulemusel diagnoositakse eriti ohtlik loomataud ja vastava diagnoosi kinnitab ametlikult ka VTA, moodustatakse kohalik ja riiklik loomatauditõrje komisjon, kehtestatakse taudipunktis karantiin, selle ümber määratletakse ohustatud tsoon ja ohustatud tsooni ümber järelevalve tsoon. Karantiini ning ohustatud ja järelevalvetsooni piiritleb kohalik loomatauditõrje komisjon ning kehtestab maavanem oma kirjaliku korraldusega VTA ettepanekul. Korraldus avaldatakse massiteabevahendites.
Kohaliku loomatauditõrje komisjoni kuuluvad maavalitsuse ja kohaliku omavalitsuse esindaja, VTA kohaliku asutuse juht ja vastutav järelevalveametnik, farmi teenindav volitatud veterinaararst ning Politseiameti ja Päästeameti esindajad vähemalt kohaliku asutuse juhi asetäitja tasemel. Komisjon korraldab ja kontrollib tauditõrje meetmete rakendamist.
Riikliku loomatauditõrje komisjon juhib tõrjemeetmete rakendamist mitut maakonda haarava taudipuhangu puhul, arutab taudikahju hüvituste taotlusi ning suunab loomataudi likvideerimiseks eraldatud riiklike ressursside kasutamist ja rahvusvahelist koostööd loomataudi leviku tõkestamiseks. Riiklikku komisjoni kuuluvad VTA peadirektor ja vastutavad järelevalveametnikud, Veterinaar- ja Toidulaboratooriumi esindaja ning Politseiameti ja Päästeameti esindajad vähemalt peadirektori asetäitja tasemel. Karantiinitingimused ning tingimused ohustatud ja järelevalvetsoonis määratakse kindlaks loomatauditõrje eeskirjas. Kui kõnesoleva haiguse osas ei ole tõrje-eeskirja kehtestatud tuleb täita VTA nõudeid.