Kahte esimesse gruppi kuuluvad haigused on suuremal või väiksemal määral seotud kaubanduslike piirangutega ning nende loomataudide tõrje eeldab rangete, tihti loomapidaja jaoks majanduslikult väga kulukate, kitsenduste ja abinõude rakendamist. Nende loomataudide ennetamisel ja tõrjel võtab riik endale suurema rolli ning vastutuse. Riigi poolt finantseerimisele kuuluvad meetmed peavad olema proportsionaalsed ning kooskõlas ühtsete Euroopa Liidu riigiabi reeglitega, mis on reguleeritud Euroopa Komisjoni 15. detsembri 2006. aasta määrusega (EÜ) nr 1857/2006, mis käsitab asutamislepingu artiklite 87 ja 88 kohaldamist põllumajandustoodete tootmisega tegelevate väikestele ja keskmise suurusega ettevõtetele antava riigiabi suhtes.
Vastavalt loomatauditõrje seaduse § 56 kaetakse A-nimekirja kantud loomataudide tõrje kulud riigieelarvest. Eriti ohtlike loomataudide ennetava vaktsineerimise (juhtudel, mil see on lubatud) kulud ning muud loomataudi ennetamisega seotud meetmed (bioohutuse tõstmiseks tehtavad kulutused) on loomapidaja kanda. Eriti ohtlike loomataudide hüvitamise kord on reguleeritud Vabariigi Valitsuse 1. augusti 2000. a määrus nr 260 “Eriti ohtlike loomataudide ennetamise ja tõrjega seotud kulude hüvitamise tingimused ja kord”.
Muude loomataudide ennetamist ja tõrjet finantseeritakse riigieelarvest põllumajandusministri kehtestatud korras, milles määratakse eraldi iga loomataudi puhul hüvitamisele kuuluvad kulud. Põllumajandusministri 23. novembri 2000. a määruse nr 69 “Eriti ohtlike loomataudide nimekirja mittekuuluvate loomataudide ennetamise ja tõrje finantseerimise kord” kohaselt katab riik marutaudi, skreipi, veiste brutselloosi, veiste enzootilise leukoosi, veiste spongiformse entsefalopaatia ja veiste tuberkuloosi diagnoosimisega, sealhulgas loomade ülevaatuse, proovide võtmise ja laboratoorse uurimisega seotud kulud. Samuti hüvitatakse järelevalveametniku või volitatud veterinaararsti ettekirjutuse alusel põllumajandusloomade hukkamisest tekkinud taudikahju. Riik maksab kinni ka loomade vaktsineerimise marutaudi ja siberi katku vastu. Kõikide teiste loomataudide riigieelarvest finantseerimise maht ja ulatus määratletakse Veterinaar- ja Toiduameti peadirektori kinnitatavas loomatauditõrje programmis. Tegu on loomataudide ennetamise ja tõrje menetluste täpsustatud kavaga, milles sätestatakse riigi poolt finantseeritavate loomataudide ennetamise ja tõrje menetluste loetelu ning vastavate menetluste mahud loomataudide kaupa iga aasta kohta.
Loomapidajale hüvitamisele kuuluva hukatud looma väärtuse arvutamisel järgitakse põllumajandusministri 1. märtsi 2001. a määrust nr 18 „Põllumajandusloomade väärtuse arvutamine ning taudikahjude hüvitamise kord”.
Tulenevalt uuest Ühenduse Loomatervise strateegiaga aastateks 2007-2013, mille üldmoto on „Haiguste ennetamine on parem kui ravi” vaadatakse lähitulevikus üle erinevates liikmesriikides kasutusel olevad tauditõrje hüvitamise skeemid eesmärgiga suurendada loomapidaja vastutust ning ühtlustada valdkond turumoonutuste vältimiseks kogu Ühenduse territooriumil.