Mesilasemade märgistamisel on mitu põhjust. Märkimine aitab mesinikul mesilasema perest kiiremini üles leida, saab määrata mesilasema vanust ja tõuliini ning avastada salajast emavahetust.
Märgistamisel kasutatakse kas mitmevärvilisi märgiseid või värvi. Kasutatakse ka veel mesilasema märkimist tiivalõigetega. Paarisaastal sündinud mesilasemadel lõigatakse paremast ja paaritul aastal vasakust tiivast osa ära. Mesilasema tiiva lõikamine takistab ka sülemi ära lendu. Kuid üldiselt kipuvad mesilased tiivalõikega mesilasemasid välja vahetama, sest tiibade lõikamisel vigastame mesilasema tiivasooni. Tiivasoontes paiknevad närvid, trahheed on ümbritsetud hemolümfiga ning neis toimub ainevahetus.
Märgiste ja värvi värvus on kokkuleppeliselt iga aasta erinev ja see vaheldub kindlas järjekorras. Kui aastaarv lõppeb 0 või 5-ga – sinine, 1 või 6-ga valge, 2 või 7-ga – kollane, 3 või 8-ga – punane, 4 või 9-ga – roheline. Värvidest ja liimidest ei tohi kasutada kitiini lahustavaid aineid (alkohol, atsetoon) sisaldavaid värve ja liime. Märgise või värvi kandmisel tuleb mesilasema fikseerida kas märkimisraamis või -kolvis, mille võrgu silma ava on 3 x 3 mm. Värv tuleks kanda hoolikalt, ringjate liigutustega mesilasema seljakilbile, sest kui värviga saavad kokku ainult karvad kulub see värv kiiresti maha. Kleebitava märgise diameeter ei tohiks olla üle 2,7 mm.