Umbrohutõrje
Keemilist umbrohutõrjet tehakse taliviljal siis, kui vilja kasv on alanud – vilja võrsumisfaasis. Pritsimisaja valikul tuleb sügisese tugeva umbrohtumise korral samuti (nagu kevadelgi) arvestada, et umbrohtudel peaks olema välja arenenud idulehed või esimene pärisleht, sellisel juhul saab kasutada herbitsiidi väiksemaid norme ning mõju on kiirem. Herbitsiidid mõjuvad paremini sooja (15…20oC) ja niiske ilmaga Vilja, mis kannatab põua all või kui on öökülma oht, ei ole soovitav pritsida.
Pikakõrrelised taimed suruvad umbrohtu rohkem alla. Tiheda rukkitaimiku, kus on vähe umbrohtu ja ei ole tühikuid, võib jätta ka pritsimata.

Taimehaiguste tõrje
Lumiseen nakatab taimi juba sügisel sombuse ja sajuse ilmaga ning areneb edasi lume all, kui muld on vähe külmunud ja lumikate paks. Kergesti nakatuvad vigastatud ja nõrgenenud taimed ning nendelt levib haigus kiiresti edasi. Lehtede nakatumine ei too kaasa taime hävimist, kuid kui haigusetekitaja levib ka võrsumissõlmes, võivad taimed hukkuda.

Tüfuloos kahjustab rohkem talinisu ja sarnaneb lumiseenele. Kaht haigust on hea eristada kevadel seeneniidistiku värvuse järgi –lumiseenel on niidistik roosakas, tüfuloosil hallikas.

Suve teisel poolel, kui sajab tihti ja õhuniiskus on kõrge, võib pähikute vahel märgata roosat hallitusesarnast kirmet –  punakastet. Nakatunud terad jäävad kõlujaks, saagi mahumass ja 1000 tera mass vähenevad ning langemisarv on madal; ka on punakastest nakatunud terad mürgised.

Jahukaste seeneniidistik või viljakehad talvituvad taimejäänustel ja umbrohul ning nakatavad taimi jahedapoolsel ja sademeterohkel kevadel. Lehtedele tekivad valkjad täpikesed, mis suurenedes ja vananedes muutuvad pruunikas-halliks. Jahukaste hävitab taimede lehed ning fotosünteesi tase alaneb, tulemuseks on väike saak.

Äärislaiksus levib niiske ilmaga. Esimesi tunnuseid on raske märgata, haiguse arenedes tekivad lehtedele hallikad ovaalsed laigud, millel on tume äär. Ulatusliku nakkuse tagajärjel lehed kuivavad, terad jäävad peeneks ja saak väikeseks. Haigus esineb kõigepealt  taliodral, siis rukkil ja edasi võivad haigustekitajad levida suviodrale.

Helelaiksus kahjustab peamiselt nisu. Lehtedel, kõrtel ja pähikutel tekivad heledad laigud, millel hoolikal vaatlemisel võib näha musti punktikujulisi täpikesi (eoslaid) Pähikute haigestumisel tekivad laigud ka sõkaldele ning pähikud muutuvad kirjuks, niiske ilmaga tumedaks.Haigestunud lehed kuhtuvad enneaegselt ning toitepinna vähenemise tõttu valmivad terad enneaegselt ja jäävad kõlujaks.

Pruunlaiksus nakatab eeskätt otra ja nisu.Haigestunud noorel taimel on pruunid laigud juurekaelal, mis hiljem tumeneb ja murdub kahjustatud kohast. Pruune laike võib esineda ka kõrtel ja lehtedel. Peale loomist võib leida pruune ebamäärase kujuga äärtelt heledamaid oliivjaspruuni kirmega laike kõikidel taime maapealsetel osadel.

Leherooste esinemisel tekivad lehtede pealmisele pinnale heleda ringiga ümbritsetud väikesed ovaalsed tumeoranžid pustulid, mis haiguse edenedes suurenevad. Tugeva nakkuse korral on kogu lehepind kaetud ja lehtede hävimine vältimatu. Kui nakatumine toimub varakult ning haiguse arenguks on tingimused soodsad, võib saagikadu olla suur.

Kõrrerooste esineb eelkõige niiskel ja soojal suvel, mil võib kõrtel näha algul tumeoranže, hiljem mustjaspruune piklikke pustuleid. Seeneniidistik kahjustab kõrt ja häirib toitainete liikumist teradesse. Ulatusliku nakkuse tagajärjel väheneb saak.

Juuremädanik esineb peamiselt nisul. Nakatunud taimedel on võrsumine pidurdatud, juured ja kõrre alused tumenevad ning võivad mädaneda juba piimküpsuse ajaks. Pead on tühjad (heledad) ja püstised. Hiljem kattuvad taimed seente mustja kirmega.

Kõvanõgi kahjustab ainult nisu. Haiged taimed erinevad normaalsetest sinakas- või kollakasrohelise värvuse poolest. Nende pead on tervetest kergemad, mistõttu hoiduvad jäigalt püsti. Nisutera asemel arenevad musta nõgieoste massiga täidetud nõgiterad, mille viljakestad on kahjustamata ja tera väliselt terve. Nõgieoste mass haiseb, lõhn meenutab heeringa soolvett. Massilisel esinemisel võib põhjustada inimeste ja koduloomade mürgistust.

Vahaküpsuse faasis võib rukki sõkalde vahelt kasvada välja tumevioletne sarvekujuline moodustis –tungaltera -, mis võib olla normaalsetest teradest mitu korda suurem. Nakkuse ennetamiseks tuleb tõrjuda orasheina (tungaltera esineb ka kõrrelistel heintaimedel) ja külvata rukis õigeaegselt. Hiline rukki õitsemine juuni teises pooles soodustab õite nakatumist tungalseene eostega ja ka hilisvõrsete õied on vastuvõtlikumad.

Taliviljasortidel on erinev vastuvõtlikkus haigusetekitajate suhtes. Tavaviljeluses on nakkusohu korral võimalik seemet puhtida või kasutada kasvuaegseid tõrjepreparaate (fungitsiide); maheviljeluses saab arvestada vaid eelvilja valikuga ning õigete agrotehniliste võtetega.

Kasvuaegset haigustõrjet peaks tegema siis, kui selleks vajadus ilmneb. Mõnel juhul on ühekordne pritsimine haiguste tõrjeks piisav, samal ajal kui kahekordne pritsimine võib osutuda vajalikuks haigusele vastuvõtliku sordi puhul suurema haiguse survega kasvuhooajal; ka lämmastikväetise suure koguse kasutamisel võib suureneda vajadus teha haiguste tõrjet, sest tasakaalustamata väetamise korral on taimekoed haigustele vastuvõtlikumad.

Kahjuritõrje
Kahjuritõrje on kõige vajalikum teraviljarohkes külvikorras ja kahjurite levikuks ning paljunemiseks soodsate ilmastikutingimuste korral.

Traatuss (naksurlase vastne) närib allpool mulda käigu läbi noore taime varre, mille tagajärjel taim närtsib ja enamasti hukkub. Happelistel muldadel võib kahjustus olla ulatuslik, eriti kui põldu ei ole pikemataega kasutatud või seal kasvas palju orasheina.

Kõrrevaablase röövik närib kõrt seestpoolt. Vilja küpsemise ajal võib ulatusliku kahjustusega põld lamanduda ühes suunas, nagu oleks põllust rulliga üle sõidetud. Röövik talvitub kõrre tüüs, seega on sügiskünd hädavajalik.

Hariliku viljakuke tõugud närivad lehtede pealispinda piklikke auke, lehed kuivavad ja taimede fotosüntees on häiritud ning terasaak väheneb.

Rootsi kärbse vaglad närivad lehe alust; kahjustus on sarnane viljakuke kahjustusele.

Ripslased imevad taimede mahla ja põhjustavad arenevate pähikute kuivamist. Suurema kahjustuse korral võib pärast loomist näha poolikuid viljapäid, kahjustatud poolel on näha pea telg ja kuivanud libled. Ripslased kahjustavad rohkem hõredaid või talvekahjustustega külve.

Lehetäid imevad samuti taimemahla. Kahjustatud taime pea lehetupest ei välju ning lehed kuivavad enneaegselt. Kahjustavad rohkem kevadel kasvavaid võrseid. Sügisel hästi võrsunud taimed kasvavad kevadel kiiresti ja lehetäidel on tugevast taimest raskem taimemahla kätte saada.

Viimastel aastatel on meil suurenenud  rukki-pahksääse levik ja kahjustus. Pahksääse vastsed kahjustavad valmivaid teri, tugevasti kahjustatud terad kaotavad idanemisvõime.

Korralik ja õigeaegne mullaharimine ning vajadusel muldade lupjamine, umbrohtude leviku piiramine, õigeaegne külv ning kasulikud putukad aitavad ära hoida või piirata enamiku kahjurputukate kahjustust külvidel. Kahjurite massilisel esinemisel on tavaviljelejatel võimalik kasutada insektitsiide.

Nakatumist taimehaigustesse ja kahjurite rünnet on võimalik ennetada agrotehniliste võtetega. Haigusetekitajad ja kahjurputukad talvituvad mullas, umbrohtunud põlluservadel, kultuurtaimede jäänustel ning levivad ka seemnega. Samuti on  masinate ja seadmetega võimalik taimehaigusi levitada. Külvikord, kõrre koorimine ja künd, paikkonda sobiv sort ja kvaliteetne seeme, õigeaegne külv, normaalne külvitihedus, ühtlane tärkamine ja taimede optimaalne areng sügisel loovad eelduse haigustest ja kahjuritest puutumata saagi saamiseks. Kahjustusi aitab vähendada ka seemne korrapärane uuendamine.

Arvestada võiks ka asjaoluga, et otsekülv ja minimeeritud mullaharimine pikema aja jooksul tõstab mullas haiguste ja kahjurite arvukust.